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1.
DeepMainmast: integrated protocol of protein structure modeling for cryo-EM with deep learning and structure prediction.
Nat Methods
; 21(1): 122-131, 2024 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38066344
2.
CryoREAD: de novo structure modeling for nucleic acids in cryo-EM maps using deep learning.
Nat Methods
; 20(11): 1739-1747, 2023 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37783885
3.
A High-Quality Blue Whale Genome, Segmental Duplications, and Historical Demography.
Mol Biol Evol
; 41(3)2024 Mar 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38376487
4.
Residue-wise local quality estimation for protein models from cryo-EM maps.
Nat Methods
; 19(9): 1116-1125, 2022 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35953671
5.
Cryo-EM model validation recommendations based on outcomes of the 2019 EMDataResource challenge.
Nat Methods
; 18(2): 156-164, 2021 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33542514
6.
Enhancing cryo-EM maps with 3D deep generative networks for assisting protein structure modeling.
Bioinformatics
; 39(8)2023 08 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37549063
7.
Essential amino acids in the Plant-Conserved and Class-Specific Regions of cellulose synthases.
Plant Physiol
; 191(1): 142-160, 2023 01 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36250895
8.
PDA-Pred: Predicting the binding affinity of protein-DNA complexes using machine learning techniques and structural features.
Methods
; 213: 10-17, 2023 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36924867
9.
Modeling protein-nucleic acid complexes with extremely large conformational changes using Flex-LZerD.
Proteomics
; 23(17): e2200322, 2023 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36529945
10.
Discriminating physiological from non-physiological interfaces in structures of protein complexes: A community-wide study.
Proteomics
; 23(17): e2200323, 2023 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37365936
11.
Genotype & phenotype in Lowe Syndrome: specific OCRL1 patient mutations differentially impact cellular phenotypes.
Hum Mol Genet
; 30(3-4): 198-212, 2021 04 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33517444
12.
Multi-level analysis of intrinsically disordered protein docking methods.
Methods
; 204: 55-63, 2022 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35609776
13.
LZerD webserver for pairwise and multiple protein-protein docking.
Nucleic Acids Res
; 49(W1): W359-W365, 2021 07 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33963854
14.
A haplotype-resolved genome assembly of the Nile rat facilitates exploration of the genetic basis of diabetes.
BMC Biol
; 20(1): 245, 2022 11 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36344967
15.
Current progress and future perspectives of polypharmacology : From the view of non-small cell lung cancer.
Semin Cancer Biol
; 68: 84-91, 2021 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31698087
16.
Benchmarking of structure refinement methods for protein complex models.
Proteins
; 90(1): 83-95, 2022 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34309909
17.
Using steered molecular dynamic tension for assessing quality of computational protein structure models.
J Comput Chem
; 43(17): 1140-1150, 2022 06 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35475517
18.
Protein secondary structure detection in intermediate-resolution cryo-EM maps using deep learning.
Nat Methods
; 16(9): 911-917, 2019 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31358979
19.
Protein contact map refinement for improving structure prediction using generative adversarial networks.
Bioinformatics
; 37(19): 3168-3174, 2021 Oct 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33787852
20.
Mass spectrometry-based proteomic platforms for better understanding of SARS-CoV-2 induced pathogenesis and potential diagnostic approaches.
Proteomics
; 21(10): e2000279, 2021 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33860983